L'upload lo fai con Filezilla (in binario

)
Se i file sono corretti in locale lo sono anche in remoto.
L'unico problema riguarda l'host. Ci sono host che non consentono di aprire cartelle con un numero eccessivo di file e gli allegati in phpbb sono tutti in una sola cartella (files)-
C'è una Mod che consente di dostribuire i file in sottocartelle più piccole, l'ha fatta Dreddone, un utente di questo forum.
La mod la trovi anche qui, io non l'ho provata ma mi sembra interessante.