Il mio sistema usa 2 livelli di subfolder per ridurre al minimo i files contenuti.
All'amico Micogian va bene avere 1000 files + 1000 thumbs (per un totale di 2000 files) in una sola cartella, perché ha un VPS... ma 2000 files non sono "browsabili" (via FTP) nella maggior parte dei casi (in particolare è così per un notissimo e popolarissimo hosting provider italiano di cui non faccio il nome).
Con il mio sistema, la cartella files può contenere un massimo di 100 sottocartelle, ciascuna sottocartella può contenere a sua volta un massimo di 100 sotto-sotto cartelle e queste ultime contengono un massimo di 200 files (100 immagini + 100 thumbs).
Tutto questo fino a 1 milione di allegati postati.
Passato il milione di files, nelle sottocartelle più profonde i files cominciano a diventare 400, questo fino a 2 milioni di allegati... e così via. Per avere 1000 files in una sola cartella, occorre postare 5 milioni di allegati... hai voglia!!!

Questa suddivisione permette anche una maggiore rapidità di riperimento del file cercato al sistema operativo, quindi la produzione della pagina HTML è più veloce.
